I membri dell'agenzia cripto-zoologica Monarch combattono contro una serie di mostri di dimensioni disumane. Tra le creature vi è anche Godzilla, che si scontra con Mothra, Rodan e la sua nemesi finale: Ghidorah, mostro a tre teste. Combattere i mostri e la loro supremazia significa per l'umanità salvare il destino dell'intera specie, che sembra oramai appeso a un filo.

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